Apesar das enzimas serem os marcadores mais usuais em imunohistoquímica, os fluorocromos podem também ser utilizados como marcadores.
Um fluoróforo ou fluorocromo, por analogia com os cromóforos, é um componente de uma molécula que faz com que esta seja fluorescente. É um grupo funcional da molécula que absorverá luz (energia) de um comprimento de onda específico e posteriormente a emitirá num comprimento de onda superior (ou seja, com menor energia). A quantidade de energia emitida e o seu comprimento de onda dependem tanto do próprio fluorocromo como do ambiente químico envolvente (o pH, por exemplo).
A este fenómeno de absorção e emissão de luz dá-se o nome de fluorescência e cada fluorocromo tem seu espectro de absorção característico.
O fluorocromo mais utilizado nas técnicas de imunofluorescencia é a fluoresceína isotiocianato (FITC), que absorve luz no comprimento de onda dos ultra violeta (não visível ao olho humano), emitindo-a com um comprimento de onda da gama do visível.
A fluoresceína tem absorção máxima a 495 nm e emissão a 520 nm (emissão verde).
Outro fluorocromo que pode ser utilizado é a rodamina (isotiocianato de tetrametilrodamina ou TRITC), que tem absorção em 546 nm e emissão ótima em 595 nm (emissão vermelha) (Figura I5).