A maioria dos anticorpos produzidos apenas se ligam ao antigénio quando a proteína está na sua conformação nativa, pelo que os anticorpos contra a proteína nativa não se ligam à proteína desnaturada. A desnaturação proteica normalmente altera a estrutura dos seus epítopos.
A afinidade intrínseca de um anticorpo reside na sua região hipervariável e é determinada pela mesma sequência de aminoácidos que determina a especificidade de ligação ao antigénio, ou seja, a sequência de aminoácidos do anticorpo deve ser complementar e única à do antigénio que se pretende identificar.
As interações iónicas (electrostáticas), ligação (pontes) de hidrogénio a as forças de van der Waals são as principais contribuintes para a afinidade intrínseca entre o paratopo do anticorpo e do epítopo no antigénio. Também as forças hidrófobas têm um efeito estabilizador sobre o complexo antigénio/anticorpo, mas os reagentes solúveis levam geralmente à sua precipitação.
O anticorpo liga-se a um epítopo por interacções não covalentes fracas, que operam apenas em distâncias curtas. Para se obter uma ligação forte e localizada do anticorpo e do epítopo, estes devem ter formas complementares que colocam os grupos que interagem próximos uns dos outros.
O tamanho do epítopo reconhecido por uma célula B não pode ser maior do que o tamanho do local de ligação do anticorpo. Para qualquer reacção antigénio-anticorpo, a forma do epítopo que pode ser reconhecida pelo anticorpo é determinada pela forma assumida pelas sequências de aminoácidos no local de ligação e o ambiente químico que eles produzem.
Os ligandos mais pequenos, tais como hidratos de carbono, pequenos oligonucleótidos, péptidos e haptenos, muitas vezes ligam-se dentro de sulcos estreitos dum anticorpo. Quanto maior a afinidade intrínseca do anticorpo, menor é a concentração de antigénio necessária para saturar os locais de ligação disponíveis do anticorpo.
Assim, em imunohistoquímica, a afinidade intrínseca (ou funcional) de um anticorpo pode ser definida como o tempo necessário para atingir o equilíbrio com o antigénio no tecido. Se alíquotas iguais de dois anticorpos com concentração idêntica forem incubadas por iguais períodos de tempo com o antigénio (no tecido), o anticorpo que atinge um patamar de intensidade de coloração máxima em primeiro lugar é o que tem uma afinidade intrínseca mais elevada.
A afinidade dos anticorpos também está relacionada com a sua capacidade para formar complexos imunes insolúveis. Geralmente, quanto maior a afinidade de um anticorpo, maior a sua tendência para formar um precipitado. A precipitação acontece rapidamente e ocorre quando são formados complexos antigénio-anticorpo solúveis, seguidos de agregação mais lenta e, eventualmente, a precipitação.
No entanto, em imunohistoquímica, a capacidade de um anticorpo primário para formar e precipitar complexos imunes é de pouca importância, porque a reacção com o antigénio imobilizado no tecido envolve a captura de anticorpos no tecido, em vez da sua precipitação.
O termo avidez tem sido usado como sinónimo para descrever afinidade intrínseca, mas também para designar a força da ligação entre o anticorpo e o seu antigénio. Por definição, avidez é uma propriedade relacionada com a heterogeneidade do anticorpo que irá conter vários anticorpos (anticorpos policlonais) que reagem com diferentes epítopos da molécula de um antigénio.
Dado que as reações antigénio-anticorpo são reversíveis, os complexos antigénio-anticorpo formados no tecido podem ocasionalmente ser dissociados durante os ciclos de lavagem utilizados em imunohistoquímica. Esta dissociação varia de anticorpo para anticorpo. No entanto, altas concentrações salinas, alta temperatura e pH muito baixo, podem dissociar os complexos formados, aumentando a probabilidade de uma coloração imunocitoquímica fraca.
As reações antigénio-anticorpo são reversíveis.
Assim, os anticorpos de elevada afinidade intrínseca têm a vantagem de durante a lavagem, a dissociação ser menos provável do que com os anticorpos de baixa afinidade. Um anticorpo específico, mas policlonal (multivalente) é menos susceptível de ser removido pelo processo de lavagem do que um anticorpo monoclonal (monovalente), sendo pouco provável que, após o passo de incubação, o excesso de lavagem resulte em qualquer perda apreciável de marcação nos anticorpos policlonais.
O termo “reatividade cruzada” indica uma atividade imunohistoquímica que pode ocorrer entre um anticorpo e dois ou mais antigénios, ou quando um antigénio reage com vários anticorpos diferentes. Nesta situação, o denominador comum é o da partilha de pelo menos um epítopo comum com os vários antigénios, o que acontece por norma com os anticorpos policlonais.
Também a recuperação antigénica pode induzir alterações num ou vários epítopos, o que conduz a uma possível perda de especificidade de um determinado anticorpo monoclonal para determinado antigénio.
